Brahetrolleborg blev anlagt af cisterciensermunke i 1172, efter sigende på en mindre holm, deraf navnet Holme kloster og den latinske benævnelse for det: "Insula Dei" – Guds Ø. Cisterciensermunkene var dygtige organisatorer og foregangsmænd på mange områder, bl.a. landbrug, smedehåndværk og arkitektur og de var ligeledes kendt for at være godgørende og tage sig af syge og sultne, der kom til klostrets port. Klosteret brændte formentlig i 1243 hvorfor det nuværende bygningsanlæg er opført i årene 1243-1500. Klosteret havde et betydeligt jordtilliggende, som udgjorde en egen retskreds.
Ved Reformationen kom klosteret under Kronen og blev snart efter helt forladt af munkene. I 1568 solgte Frederik II det til statholder i Hertugdømmerne Henrik Rantzau, som i skødet fik lov til at oprette gården under navn af Rantzausholm til et stamhus for sin mandlige slægt. Ved Henrik Rantzaus død 1598 gik Rantzausholm i arv i slægten frem til Cai Rantzaus enke, Anne Lykkes død i 1641, hvor klosteret overgik til hendes broder Frands Lykke. Fra ham gik det i arv til sønnen, den bekendte Kai Lykke. Han lod den karakteristiske trelængede ladegård opføre i 1655 og selvom en del af tagkonstruktionen af denne brændte i år 1900 er det originale anlæg som udgangspunkt bevaret i dag. Kai Lykke blev dømt for majestætsfornærmelse og henrettet og sat på hjul og stejle in absentia i 1661. Herefter blev klosteret inddraget af Kronen.
Frederik III mageskiftede det i 1668 til Birgitte Trolle, der i 1672 oprettede Rantzausholm og Brendegaard til Baroniet Brahetrolleborg til minde om hendes mand Mandrup Brahe – deraf navnet Brahetrolleborg. Hendes nevø baron Frederik Trolle tiltrådte baroniet efter fru Birgittes død i 1687.
I 1700 fik Storkansler Conrad Reventlow til Clausholm ekspectancebrev på godset, men først i 1722 forlenede Frederik IV Brahetrolleborg til sin svoger, Gehejmeråd Christian Ditlev Reventlow.
I 1775 overgik Brahetrolleborg til Johan Ludvig Reventlow, som blev en af de mest indflydelsesrige personer for Brahetrolleborgs udvikling og historie. Johan Ludvig Reventlow forfattede en ”masterplan” for udvikling og modernisering af Brahetrolleborg gods – en plan der på flere områder pegede frem mod dannelsen af den danske socialstat.
Johan Ludvig Reventlow formåede at omsætte oplysningstidens nye tanker til virkelighed i Brahetrolleborg sogn, så han ved sin død efterlod en arv, der kommer os alle ved den dag i dag: en skole, der skulle oplyse og lære børnene at tænke selv; aftenskole for voksne, håndværkeruddannelse foruden landets første seminarium uden for København. Desuden et spirende demokrati i form af landets første sogneråd, udskiftning af gårdene, ophævelse af stavnsbånd, nye dyrkningsreformer i såvel landbrug som skovbrug, fattigforsørgelse og en begyndende industrialisering i form af hammerværk, væveskoler, høravlingsinstitut mv.
I dag ejes og drives Brahetrolleborg af 9. generation i Reventlowsslægten, Catharina Reventlow-Mourier.
Læs mere om stedet Brahetrolleborg og dets ejere, herunder bondereformatoren Johan Ludvig Reventlow, på Reventlowslægtens hjemmeside: